絕緣子的作用是有方向性的，這是在果蠅實驗中發現的。果蠅(D.melanogaster)的黃色基因座y上插入轉座子gypsy后，會造成有些組織中的y基因失活，但有些組織中y基因仍然有活性，其原因在于轉座子gypsy的一端有一個絕緣子序列。當gypsy在》/基因座的不同位置上插入時，對基因的活性有不同的效應。

這是因為y基因的活性受4個增強子調控，當絕緣子正好插在啟動子的上游時，就在翅肩(wing blade)和軀體上皮(body cuticle)組織中阻斷基因的活化(來自上游的增強子)，但不阻斷在剛毛(bristles)和跗足(farsal claws)組織中y基因的表達(來自下游的增強子)。

由于有些增強子位于啟動子上游，有些位于下游，所以絕緣子的效應并不取決于絕緣子同啟動子的相對位置。因此，對絕緣子效應的方向性的原因還沒有弄清楚。目前已發現有兩個基因座以反式活化方式影響絕緣子的功能?；騍2J(Hw)編碼的核蛋白識別絕緣子，絕緣子同其結合后才有絕緣作用。當該基因突變后，盡管y基因座中插入了絕緣子，但失去了絕緣作用，y在組織中都表達。

另一個基因座是mod(mdg 4)，該基因發生突變后，其效應正好與Su(Hw)相反，即這些突變型都增強了絕緣作用，使絕緣子的絕緣效應不再有方向性而得到擴展，也就是阻斷了上游和下游兩側的增強子的效應。有一種解釋認為先是Su(Hw)同絕緣子DNA結合后，使絕緣子有絕緣效應。mod(mdg4)同Su(Hw)結合，使絕緣子失去絕緣效應;突變的mod(mdg4)不能同Su(Hw)結合，于是絕緣子又增強了絕緣作用。